Kadı Burhanettin Devleti sona erince Çorum ve civarındaki ona bağlı yöreler Osmanlı hâkimiyetine girmiştir. Bayat’ın Osmanlı hâkimiyetine geçişi 1395’li yıllarda olmuştur. 1390’da Yıldırım Bayezid, Kadı Burhaneddin Devletinin varlığından rahatsız olduğu için Anadolu’ya sefer düzenlemiş, 1391 yılında Kastamonu’yu alıp Candaroğulları Beyliğine son vermiştir. Osmancık civarında Kırkdilim mevkiinde yapılan savaşta Osmanlı Devleti, Kadı Burhaneddin Devletine yenilmiş ve Şehzade Ertuğrul şehit olmuştur (Ilık, 2011: 2-4). Moğolların 1243’ten 1402’ye kadar süren bölgedeki hâkimiyetinde Tatar ve Moğol boyları bölgeye yerleşmiştir. Daha sonra Moğollardan boşalan bölge Osmanlı Devleti’nin hâkimiyetine geçmiş, Dulkadirlilerle iyi ilişkilerde olan Osmanlı bölgeyi Dulkadirli aşiretlerinin yerleşimine açmıştır. Osmanlılarla Dulkadirliler arasındaki bu iyi ilişkiler onların Safevîleri desteklemeleri nedeniyle bozulmuştur. 1515 yılında Yavuz Sultan Selim Dulkadirli Devleti’nin hâkimiyetine son vermiştir. Bu duruma tepki amacıyla da Bozoklu Celal Baba, Şah Veli, Halil Baba, Bozoklu Atmaca gibi tarihte Celali, Kalenderi, Türkmen, Medrese öğrencileri isyanları adları ile anılan büyük isyanlar patlak vermiştir. Osmanlılar bu isyanları önlemek için isyana katılan aşiretleri XVI. yüzyılda Doğu Anadolu, Balkanlar, Trabzon, Kıbrıs gibi bölgelere tehcire yollamıştır. Alınan bu önlemler de bölgede sulh ortamını sağlamamıştır. XVIII. yüzyıla kadar bölgede isyan çıkaran ve devletin buyruklarına uymayan aşiretler mevcuttur. Çoğu konar-göçer olan bu oymakların yerleşik hayata geçmiş olanlara da zarar vermelerinin önüne geçilememiş ve tarım arazilerinden de istenen fayda sağlanamamıştır. Bu başıbozuk duruma köklü bir çözüm aranmış ve II. Süleyman zamanında tehcir kararı alınıp yöre ahalisinin önemli bir kısmı Rakka, Kıbrıs ve Anadolu’nun değişik yerlerine yollanmıştır. Torunlar, Lekvanik, Köseler, Armudlu, Kabaklar, Okçular, Yakuplu gibi pek çok oymak Rakka civarına yerleştirilmiştir. XVII. yüzyılın sonunda başlayan ve yaklaşık bir asır süren bu göçler neticesinde Karahisar-ı Demirli ve Katar kazalarına ait onlarca yerleşim yeri boşaltılmıştır. Bu tehcir olayı yaşanırken Osmanlı Rus savaşlarından dolayı da pek çok Tatar ve Kafkasya ahalisi Osmanlı topraklarına sürgüne yollanmıştır. Bu iskân faaliyetleri için bazen radikal kararlar alınıp konar-göçer taifelerin yerleşik düzene geçmeleri konusunda baskı yapılmaya başlanmıştır. Bu taifeler isyan etmesin diye aşiret ve oymaklar parçalanarak her köyde bir aşiretten en fazla 5-6 haneye izin verilmiştir. Böylece 40-50 haneli bir köyde 6-7 tane farklı aşiret veya oymak yaşamaya başlamıştır. Bir aşiretin köyde hâkimiyet kurup asi eylemlerde bulunmasının önüne geçilmek istenmiştir. Devletin uyguladığı bu politikalardan Bayat da etkilenmiştir. Bu zorunlu göç neticesinde bazı oymaklar gittikleri bölgeyi beğenmeyip geri dönmüştür. Boşalan köy ve araziler zamanla tekrar imara açılmıştır. Buralara Türkmen aşiretlerine mensup taifeler yerleştirilmiştir. Yukarı Emirhalil, Aşağı Emirhalil, Bayan, Çamlıgüney, İshaklı, Demirciler, Cevizli, Akseki, Beğdili, Barak, Çay, Eskialibey, Toyhane, Kayaağzı köylerine Türkmen taifesine mensup oymaklar yerleşmiştir (Şahin, 2015: 12-13; Uçakçı, 2013: 449-472).